Existem duas versões para a história de Flores de Goiás. A primeira diz que os pioneiros do município foram os escravos fugitivos da Bahia e fazendeiros que procuravam o local para a formação de empreendimentos agropecuários. Estes últimos deixaram a região seca do Nordeste brasileiro a procura de terra mais fértil e clima temperado.
De acordo com a primeira versão, os fundadores da cidade seriam Joaquim Rodrigues Tomás, Tenente Coronel Severino Dias Alves e o alferes Bertoldo Marques Coelho. Eles teriam chegado à região e iniciado o povoado por volta de 1653.
A outra versão, do historiador Silva e Souza, descreve o povoado como um arraial às margens do rio Paranã, constituído de homens negros. Por esta versão, o fundador da cidade teria sido Domingos Alves Maciel, por volta de 1729.
O município foi criado em julho de 1864 e extinto em agosto de 1869. Em 10 de janeiro de 1939 foi elevado à categoria de distrito de Sítio D`Abadia com o nome de Urutaga. A emancipação só veio em 1963.
Flores de Goiás está a 430 km de Goiânia. Faz limite com o Estado de Minas Gerais. O seu relevo é formado por chapadões e serras. A base da economia está na produção de milho, arroz e feijão.
O município, que tem na pesca e no campismo suas principais atrações turísticas, comemora, além do aniversário da cidade (14 de novembro) outras duas datas: 12 de junho, Nossa Senhora do Rosário e 10 de outubro, festividade em louvor a mesma Santa.