A região onde foi fundada a cidade de São Miguel do Araguaia começou a ser povoada em 1952, com a chegada de José Pereira do Nascimento, Lonzorick Belém e Ovídio Martins de Souza, que tinham como objetivo desenvolver projetos agropecuários. Na época o povoado era chamado pelos viajantes de "Povoado da Ponta da Linha", pois era ali o fim da estrada até o momento.
O mérito de fundador do município foi dado a José Pereira do Nascimento que ficou muito conhecido pela prática de curandeirismo e rituais espíritas. As primeiras casas de adobe e pau-a-pique foram construídas pelas pessoas que vinham em busca da cura para os males do corpo e do espírito às margens do Córrego São Miguel (Córrego da Balança), nome que oficialmente passa a denominar o Povoado.
As terras férteis banhadas pelo Rio Araguaia atraíram colonos de várias partes do país, principalmente de Minas Gerais, levando o estado a lotear as terras ainda sem donos na região. Isso resultou no aumento da produção agrícola e no desenvolvimento acelerado da região. Só em 14 de novembro de 1958, através da lei estadual de nº 2137, o povoado foi reconhecido pelo estado como município e denominado oficialmente São Miguel do Araguaia. O nome foi escolhido em louvor a São Miguel Arcanjo, e incorporando o nome do Rio Araguaia pela sua proximidade. O maior crescimento do município se deu entre 1960 a 1963, quando milhares de colonos de diversas regiões chegaram ao município, desbravando matas, formando extensas lavouras e pastagens, sendo que por um curto período o município foi conhecido como a capital do arroz no estado.