O Município de São Miguel do Passa Quatro foi criado pela Lei Estadual nº 10.432, de 9 de janeiro de 1988, publicada no Diário Oficial do Estado de Goiás no dia 28 de janeiro do mesmo ano, e instalado com a posse do Prefeito, do Vice-Prefeito e dos Vereadores eleitos simultaneamente com os dos demais municípios, no dia 1º de janeiro do ano de 1989.
A origem da povoação está evidenciada na iniciativa dos fazendeiros da localidade, que se viam isolados e distantes dos centros urbanos, com reais dificuldades para comercializar os seus produtos, adquirir bens de consumo e contratar serviços de primeira necessidade. Havia, portanto, urgência no sentido de agregar forças.
Um desafio que reclamava solução imediata era o sepultamento dos parentes mortos, que somente podia ser realizado em cidades como Silvânia, Bela Vista ou Orizona, distantes mais de quarenta quilômetros.
Sabe-se que naquela época as pessoas falecidas eram transportadas a pé, em banguês, resquícios ainda da escravidão, quando os escravos defuntos eram carregados em padiolas para as sepulturas cavadas em um lugar qualquer, normalmente à beira de estradas.
Ali por volta de 1928, já pronto o cemitério cuja construção fora autorizada pela Paróquia de Nosso Senhor do Bonfim, no início de 1923, e em volta dele algumas casas edificadas, os fazendeiros da redondeza decidiram erigir ali uma povoação em louvor a São Miguel Arcanjo. E a referência que se dava à povoação já era o Rio Passa Quatro, razão pela qual, com o uso, o povoado passou a ser denominado pelo povo como São Miguel do Passa Quatro.